רשת אמי"ת הקימה בתי מדרש קהילתיים, בסמוך לישיבות ולאולפנות של הרשת, במטרה לחזק את החיבור לתורה בקהילות ברחבי הארץ. בתי המדרש מיועדים לציבור הרחב.
בתי המדרש שפועלים בשנת תשע"ב הם:
- בית מדרש לתורה ולחיים, אמי"ת כפר בתיה, רעננה
- בית מדרש אוריה, אולפנת אמי"ת, באר שבע
- בית מדרש "בינה יתרה", אמי"ת רחובות בנות
- בית מדרש אמי"ת כרמיאל
- בית מדרש אמי"ת מודיעין
- בית מדרש נוגה, אולפנת נוגה בית שמש
- בית מדרש אמי"ת כפר גנים,פתח תקווה
- בית המדרש 'אפיק' במדרשת אמי"ת באר בירוחם