תנ"ך
  באתר "סנונית" - http://kodesh.snunit.k12.il 
  מתוך אתר "מכון ממרא" - http://www.mechon-mamre.org/i/t/t0.htm 
  קונקורדנציה לתנ"ך: http://www.snopi.com/torasearch/torasearch.asp 
  מאגר חיפש בתנ"ך:   http://www.shakel.org/tanach/main.ASP 
  אתר הנווט בתנ"ך:  http://www.tora.us.fm/tnk1/ 
 תיקון סופרים: http://www.mechon-mamre.org/c/ct/cp/cp0.htm 
 
מגילות עם פירושים 
  מגילת רות  עם פירוש רש"י ולקטים מן התלמודים והמדרשים ועם פירוש "תורה תמימה."
  שיר השירים עם פירוש רש"י.  עין איה
  מגילת אסתר עם פירוש רש"י ולקטים מן התלמודים והמדרשים ועם פירוש "תורה תמימה".

משנה 
  באתר "סנונית" [משנה ותוספתא] - http://kodesh.snunit.k12.il 
  פרקי אבות מנוקד: http://www.moriya.org.il/Prayer/PreId.asp?id=11 
  מגילת תענית: http://www.shechem.org/torah/megtan/index.html 
  אבות דרבי נתן (41 פרקים)
  מסכת אבות
  מסכת דרך ארץ זוטא ופרק השלום
  שמונה פרקים - הקדמה לפירוש מסכת אבות / רבי משה בן מימון   
  אוצר עדי לספרות התנאית. מובאים כל כתבי היד [אוניברסיטת בר-אילן]:
http://www.biu.ac.il/JS/tannaim/
 
תלמוד בבלי 
  כל התלמוד הבבלי – דפוס ווילנא עם רש"י ותוספות
 - http://www.e-daf.com/index.asp 
  הדף היומי –http://hadafhayomi.co.il/index.php?l=he&&from_chk=1
http://hadafhayomi.co.il 
  באתר "סנונית" [תלמוד בבלי וירושלמי]  - http://kodesh.snunit.k12.il
 
תלמוד ירושלמי 
 תלמוד ירושלמי מפורש:
http://www.yedidnefesh.com/yerushalmi/yerushalmi.htm  

מדרשים 
  מדרש רבה: http://www.tsel.org/torah/midrashraba/index.html 
  ילקוט שמעוני: http://www.tsel.org/torah/yalkutsh/index.html 
  מדרש תנחומא: http://www.tsel.org/torah/tanhuma/index.html 
 תנא דבי אליהו רבא וזוטא: http://www.yarzheit.com/tana/eliyahuhanavi.htm
 
רמב"ם 
  משנה תורה – מתוך אתר "מכון ממרא":
  http://www.mechon-mamre.org/i/0.htm
  באתר "סנונית":  http://kodesh.snunit.k12.il 
  מורה נבוכים: http://press.tau.ac.il/perplexed/chapters/chap_2_39.htm 
 מורה נבוכים/רמב"ם, אוניברסיטת ת"א: http://press.tau.ac.il/perplexed 
  הקדמת רמב"ם לפרק "חלק"
  ספר המצוות לרמב"ם
  מאמר תחיית המתים
   מאמר קידוש השם
  איגרת תימן
  איגרת לקהל מרשילייא, על אצטגנינות ומזל
  מורה הנבוכים בתרגומו של הרב יוסף קאפח (196 פרקים(
  הקדמה לפירוש המשנה (11 פרקים(
  מאמר על דרשות חז"ל / רבי אברהם בן הרמב"ם  
  רבי יהודה הלוי-הכוזרי: http://www.tsel.org/torah/kuzari/index.html

שולחן ערוך –  
  שולחן ערוך אורח חיים [עם הגהות הרמ"א] –
 http://www.cs.biu.ac.il/~wiseman/shulhan-aruch 
  שולחן ערוך אורח חיים מעובד בידי צבי ויסמן  
http://www.cs.biu.ac.il/~wiseman/shulhan-aruch 
  קיצור שולחן ערוך: http://www.shofar.net/Content/Kitzur_Shulchan.htm
 
קבלה 
   מבוא לקבלה-ספר ידיד נפש:
http://www.yedidnefesh.com/kaballah/kabbala.htm 
  ספר הזוהר: http://www.kabbalah.info/PDF/idx_zohar.htm
 
ספרי מוסר 
  הרמח"ל - מסילת ישרים 
  כתבי רבי נחמן מברסלב - http://www.moharan.com/pages_hebreu/page_menu_hebreu.htm 
  כתבי רבי נחמן מברסלב-אתר נוסף:
http://www.breslev.org/pages.php?go=books  

תפילות 
  סידורים ומחזורים לימי חול שבת ומועדים:
http://www.daat.ac.il/daat/sidurim/shaar-2.htm 
  הגדה של פסח - http://www.info.org.il/haggadah_hebrew.shtml 
  רבי נחמן מברסלב: תפילות על ארץ ישראל   

ארץ ישראל 
  מאגר ספרי ארץ ישראל: http://www.tsel.org/eretz/hindex.html 
  רבי נחמן מברסלב: תפילות על ארץ ישראל  
  הרב יהוסף שווארץ: תבואות הארץ  
  יצחק גולדהאר: אדמת קודש  ארץ ישראל לגבולותיה  

עוד ספרי מחשבה באתר "מכון הלכה ברורה"  
  מעשה ברבי שמעון בר יוחאי ובנו רבי אלעזר במערה   עם פירוש הראי"ה קוק
  המהר"ל מפראג: נר מצוה
  הרמ"ק :תומר דבורה פירוש על י"ג מידות.  
  רבינו יוסף חיים:  בן איש חי הלכות לפי פרשיות התורה. 
  קבצים תורניים ממגד גבעות עולם
 

 ספרי יסוד -
http://www.daat.ac.il/daat/sifrut/yesod.htm

מחשבה
  הנבחר באמונות ודעות (האמונות והדעות) / רב סעדיה גאון - תרגום הרב יוסף קאפח    (בצרוף מחקרים) כ- 100 פרקים  
  חובות הלבבות / רבנו בחיי בן פקודה (בצרוף מחקרים) (כ- 100 פרקים(
  ספר העיקרים / רבי יוסף אלבו (כ- 150 פרקים(
  שער הגמול / רבי משה בן נחמן (7 חלקים)
  ספר היראה / רבנו יונה גירונדי
 קיצור ספר חרדים / רבי אלעזר אזכרי
  אורחות חיים לרא"ש
  תפארת ישראל לרבי יהודה ליוואי, המהר"ל מפראג (70 פרקים(
  אורחות צדיקים - מהדורת אינטרנט מעוצבת בידי יהודה איזנברג (28 פרקים)
 ויכוח על לימוד פילוסופיה
רמח"ל - רבי משה חיים לוצאטו
  מאמר העיקרים
  מאמר החכמה
  דרך ה' (27 פרקים(
  מאמר על ההגדות
  מסילת ישרים (28 פרקים(

וויכוחים בין יהודים ונוצרים -
http://www.daat.ac.il/daat/mahshevt/vikuhim.htm  
  ויכוח הרמב"ן עם המומר פראי פול (מאה 13(
  ויכוח בין הרד"ק לחכם נוצרי - מאה 13.
 ויכוח בין רבי יחיאל מפריס והמומר ניקולאן דונין - מאה 13.
 ויכוח עם נוצרי / רבי שלמה בן אדרת, הרשב"א - מאה 13-14 - .
  רבי חסדאי קרשקש / ספר ביטול עיקרי הנצרות - מאה 14.
  אגרת "אל תהי כאבותיך" / יצחק פרופייט דוראן - מאה 14.
  ויכוח יהושע הלורקי / שבט יהודה לרבי שלמה אבן וירגה - מאה 15.
  ויכוח דון שמואל אבראבאליא והאפיפיור / שבט יהודה לרבי שלמה אבן וירגה - מאה 15.
  ויכוח בין המלך דון אלפונשו ודון יוסף ן' יחיא / שבט יהודה לרבי שלמה אבן וירגה - מאה 15.
  ויכוח לפני המלך דון אלפונסו / שבט יהודה לרבי שלמה אבן וירגה - מאה 15.
  ויכוח המלך אלפונסו עם בנבנשתי - מאה 15.
  ויכוח בין יהושע הלורקי לפאול די בורגוס - מאה 15.
  ויכוח על נצחיות התורה בין רבני פררה ואלפוצו קארציולה - מאה 17.
  ויכוח בין משה מנדלסון לכומר לאוואטר - מאה 18. 

  מחשבת ישראל –    
http://www.daat.ac.il/daat/mahshevt/mhshvtis.htm
  חסידות - אתר מיוחד לתולדות החסידות (עשרות מאמרים)


  קורסים ממוחשבים ללמידה מרחוק  
  משפט עברי
   דת ומדע - עשרות מאמרים
   תנועות וזרמים ביהדות - עשרות מאמרים
  ויכוח על לימוד פילוסופיה
  אנטישמיות במהלך הדורות - עשרות מאמרים
  נצרות ואיסלם - (עשרות מאמרים
  ויכוחים בין יהודים לנוצרים
   הרעיון המשיחי - (עשרות מאמרים
  בתי כנסת
  מאמרים בנושאים שונים במחשבת ישראל -  עשרות מאמרים
  תוכנית הלימודים במחשבת ישראל
  שאלוני בחינות בגרות במחשבת ישראל ממ"ד ופתרונותיהן
  אתר "חכמת הקבלה"
  אתר האינטרנט של פרופ' שלום רוזנברג

ספרות מקור 
http://www.daat.ac.il/daat/toshba/toshba.htm

הלכה
  מאמרים בהלכה (עשרות מאמרים)
  מבחר מתוך לוח דינים ומנהגים לשנת תשס"ד, היכל שלמה ירושלים
  מצוות השם - מניין המצוות ומראי מקומות בספרות ההלכה / ברוך הלפרין
  ההבדלים בין מניני המצוות של רס"ג / איתי אליצור
"החדש הזה לכם ראש חדשים" - כפתיחה לתרי"ג מצוות / צבי וינברגר
  דפי עבודה, מבחנים ועוד בפורמט word
 
אתרי שו"ת
  מורשת
  אתר מוריה - שו"תים בנושאים שונים
  שאל את הרב - באתר כיפה
  מכון שלזינגר - שאילת שאלות בנושא רפואה והלכה

הוראת תושב"ע
  תוכניות לימודים בתושב"ע ,דינים ותפילה
כולל מאמרים לדיון בתוכנית הלימודים הרצויה
  הוראת התלמוד וההכנה לבגרות - מחקר שטח
  התלמוד כהוויתו (ביקורת שיטת הלימוד האקדמית) / הרב יהודה פרומן
  מבחנים, שאלות לעיון וללימוד
  ספרי לימוד בתושב"ע - טקסט מלא של הספרים
  מדריכים למורה להוראת ספרי הלימוד בתושב"ע
  רשימת ספרי לימוד בתושב"ע וביבליוגרפיה מוארת
  הוראת תלמוד לבנות / חוה פרנקל-גולדשמידט
 מבוא לתורה שבעל-פה לפי תוכנית בית הספר הממלכתי - 3 מצגות מאת אהרל'ה פוקס
  דפי עבודה, מבחנים ומערכי שיעור בפורמט word (מאות דפים
  מולטימדיה

  משפט עברי    
     http://www.daat.ac.il/mishpat-ivri/index.htm
  סקירות על נושאים משפטיים בזיקתם למקרא
  חוות דעת משפטיות של המחלקה למשפט עברי במשרד המשפטים
  מאמרים בתחום המשפט העברי

מאמרים ומחקרים
  מאמרים בנושאים שונים בתושב"ע
  לימוד נושאים בתורה שבעל פה
  מחקרים בתושב"ע
  אגדות חז"ל - ניתוח ספרותי
  בתי כנסת
  דרכי ההיסק של ההלכה מן המקרא :אתר "ילפותות" – דרכי י"ג מידות של מיכה ארליך